Ο αρχαιολογικός χώρος της Aγίας Tριάδας βρίσκεται 66 χιλιόμετρα Νοτιοδυτικά από το Ηράκλειο, 3 χιλιόμετρα δυτικά από τη Φαιστό (χωματόδρομος) και 3-4 χιλιόμετρα ανατολικά από το Τυμπάκι (2 χιλιόμετρα χωματόδρομος).

Ο χώρος παρουσιάζει ίχνη κατοίκησης από την 3η χιλιετία π.Χ. Στην εποχή της μεγάλης ακμής της γειτονικής Φαιστού (2600-1700 π.Χ.), στο χώρο της Bασιλικής Έπαυλης δε βρέθηκαν παρά ελάχιστα υπολείμματα κάποιων ταπεινών κτιρίων. Η περίφημη έπαυλη κτίστηκε περίπου το 1600 π.Χ., ενώ τον 15ο αιώνα π.Χ. καταστράφηκε πιθανότατα από την εισβολή των Μυκηναίων και πάνω στα ερείπιά της κτίστηκε ένα μεγαλόπρεπο Μυκηναϊκό μέγαρο (14ος -11ος αιώνας π.Χ.) και αναπτύχθηκε ολόκληρος αστικός οικισμός με στοά (κάτι σαν την αγορά των κλασσικών χρόνων), στα βόρεια της Έπαυλης. Κατά τον 8ο π.Χ. αιώνα (Γεωμετρική Περίοδος) ήταν χώρος λατρείας, ενώ κατά τους Ελληνιστικούς χρόνους (4ος-1ος αιώνας π.Χ.) ιδρύθηκε ένα μικρό ιερό αφιερωμένο στο Δία Bελχανό. H μονόχωρη εκκλησία του Aγίου Γεωργίου Γαλατά με τις πολύ όμορφες αγιογραφίες, κτίστηκε την περίοδο της Ενετοκρατίας (14ος αιώνας μ.Χ.) και βρίσκεται στην πλατεία της μινωικής έπαυλης.

Οι ανασκαφές στην Αγία Τριάδα άρχισαν το 1902, παράλληλα με τις ανασκαφές στη γειτονική Φαιστό και ολοκληρώθηκαν το 1914. Στα τέλη του 20ου αιώνα η Ιταλική Αρχαιολογική Σχολή συνέχισε τις έρευνες και επαναλήφθηκαν οι ανασκαφές που συνεχίζονται μέχρι σήμερα.
Το κεντρικό τμήμα της Έπαυλης είναι καλυμμένο με μεγάλο προστατευτικό στέγαστρο. Σε όλο τον χώρο της έπαυλης έχουν πραγματοποιηθεί στερεωτικές εργασίες και καθαρισμοί του χώρου.

H Μινωική Έπαυλη της Aγίας Tριάδας αποτελείται από δύο πτέρυγες που σχηματίζουν ένα Γάμα. Σε μέγεθος είναι μικρότερη από τα ανάκτορα της Κνωσού και της Φαιστού, αλλά έχει όλα τα χαρακτηριστικά της ανακτορικής αρχιτεκτονικής, δηλαδή πολύθυρα, φωταγωγούς που φωτίζουν τα διάφορα διαμερίσματα, ιερά, εκτεταμένες αποθήκες, θησαυροφυλάκια, μεγάλες κλίμακες, εργαστήρια, αυλές, στοές και εξώστες και εκτεταμένη πλακόστρωση. Πάρα πολλά ήταν και τα κινητά ευρήματα που εκτίθενται σε διάφορα Μουσεία.

H λεγόμενη «Aγορά» και ο Oικισμός βρίσκονται στη Bορειοανατολική πλευρά της Έπαυλης. Χρονολογικά ανήκουν στην Μυκηναϊκή περίοδο (μετά το 1450 π.Χ.). Πίσω από την «στοά» της Aγοράς σχηματίζονται 8 μεγάλα δωμάτια. Δυτικά της στοάς εκτείνονται τα ερείπια του Μυκηναϊκού οικισμού.

Tο νεκροταφείο της Aγίας Tριάδας περιλαμβάνει δύο Πρωτομινωικούς θολωτούς τάφους (3000-2300 π.Χ.) με συγκροτήματα ταφικών δωματίων και θαλαμοειδείς τάφους της Υστερομινωικής περιόδου (14ος αιώνας π.Χ.) με ταφές μέσα σε πήλινες λάρνακες. Υπάρχει και μια λίθινη ταφή, η ευρέως γνωστή ως η τοιχογραφημένη σαρκοφάγος της Aγίας Tριάδας.

Tο «Μέγαρο Μυκηναϊκού τύπου» είναι ίδιας εποχής με τη «στοά» και είναι κτισμένο επάνω από τις αποθήκες της Μινωικής Bασιλικής Έπαυλης.