Το Αρχαιολογικό Μουσείο του Ηρακλείου ιδρύθηκε στα τέλη του 19ου αιώνα και αρχικά στεγάζονταν σε ένα κτίριο που κτίστηκε μεταξύ 1904 και 1912. Το 1937 μεταστεγάστηκε σε ένα πιο σύγχρονο αντισεισμικό κτίριο, στην οδό Ξανθουδίδου, που κατά την διάρκεια του πολέμου έπαθε ζημιές, άλλα τα πολύτιμα εκθέματα σώθηκαν εξαιτίας των προφυλάξεων που είχε λάβει ο καθηγητής Ν. Πλάτων. Το Μουσείο, μετά τις επισκευές, επαναλειτούργησε μετά το 1952 και σήμερα αποτελεί ένα πολύ σημαντικό Αρχαιολογικό Μουσείο και το σημαντικότερο στον κόσμο για τον Μινωικό πολιτισμό, με εκατομμύρια επισκέπτες το χρόνο.

Τα εκθέματά του προέρχονται αποκλειστικά από την Κρήτη, από διάφορες περιοχές του νομού και καλύπτουν όλες τις περιόδους από την Νεολιθική εποχή έως τους Ελληνορωμαϊκούς χρόνους (συμβατικά έως το 330 μ.Χ.).

Η Ύστερη Νεολιθική (3500-2900 π.Χ.) και η Πρωτομινωική (2800-2100 π.Χ.) αντιπροσωπεύονται με κεραμικά, εργαλεία και γλυπτά, μεταξύ των οποίων και πολλές σφραγίδες με πολλές παραστάσεις.
Η Μεσομινωική περίοδος (2100-1600 π.Χ.) αντιπροσωπεύεται με ευρήματα που προέρχονται από όλα τα μεγάλα ανακτορικά κέντρα. Εκτίθενται χρυσά αντικείμενα και κοσμήματα, κεραμικά αγγεία εξαιρετικής τεχνικής και ποιότητας (όπως τα περίφημα Καμαραικά), εργαλεία, είδη καθημερινής χρήσης, γλυπτά, σφραγίδες κλπ.
Η Υστερομινωική περίοδος (1600-1100 π.Χ.) αντιπροσωπεύεται από διάφορα ευρήματα, κυρίως από τα νεκροταφεία των ανακτορικών κέντρων.

Τα πιο ενδεικτικά εκθέματα είναι ο περίφημος πήλινος δίσκος της Φαιστού με τις «τυπωμένες» με ιερογλυφικούς χαρακτήρες, επιφάνειες σε μια άγνωστη γλώσσα, η θεά με τα Υψωμένα χέρια, η «Τοιχογραφία της Ταυρομαχίας», η «Παριζιάνα», όπως και διάφορα όπλα, κοσμήματα, εργαλεία και ένας μεγάλος αριθμός κεραμικών. Ο επισκέπτης μπορεί να δει και ευρήματα από την Γεωμετρική εποχή (1000-700 π.Χ.), την Αρχαϊκή (700-500 π.Χ.) και τους Κλασικούς χρόνους (500-300 π.Χ.), από διάφορους αρχαιολογικούς χώρους κυρίως την Γόρτυνα. Τέλος, από τους Ελληνιστικούς χρόνους και την Ρωμαϊκή εποχή αξίζει να δείτε πολλά αντικείμενα καθημερινής ζωής και γλυπτά και κεραμική. Το Μουσείο φιλοξενεί και μια πολύ σημαντική συλλογή νομισμάτων που αντιπροσωπεύουν διάφορες περιόδους της ιστορίας της περιοχής.