Το Ιστορικό Μουσείο της Κρήτης ιδρύθηκε το 1953 και στεγάζεται στο νεοκλασικό κτίριο Καλοκαιρινού. Κτίστηκε στη θέση παλαιότερου αρχοντικού το 1870 με σχέδια του γνωστού Έλληνα αρχιτέκτονα Λύσανδρου Καυταντζόγλου. Κατά τη διάρκεια των τραγικών γεγονότων της 25ης Αυγούστου 1898 το κτίριο πυρπολήθηκε και καταστράφηκε από τους Τούρκους. Στα 1903 επανακατασκευάστηκε σε σχέδια του Κ. Τσαντηράκη (τα οποία υπάρχουν στα εκθέματα του Μουσείου), που βασίστηκαν στην προηγούμενη αρχιτεκτονική λύση.

Χαρακτηρίστηκε από το Υπουργείο Πολιτισμού ως Ιστορικό Διατηρητέο Μνημείο και Έργο Τέχνης.

Πρόκειται για ένα διώροφο κτίριο που αποτελεί εξαιρετικό δείγμα της Νεοκλασικής αρχιτεκτονικής με μεγαλόπρεπη είσοδο. Το εσωτερικό του κτιρίου έχει ζωφόρους στις επιστέψεις των τοίχων με θέματα από την ελληνική Μυθολογία, κυρίως τα Ομηρικά έπη, Ιλιάδα και Οδύσσεια.

Το μουσείο περιλαμβάνει πλούσιες συλλογές εκθεμάτων διαφόρων ιστορικών εποχών που, μαζί με τα εκθέματα του Αρχαιολογικού Μουσείου, συμπληρώνουν την εικόνα της ιστορίας της Κρήτης. Τα εκθέματα χωρίζονται σε 5 κυρίως χώρους

Α) Βυζαντινή και Μεσαιωνική συλλογή που περιλαμβάνει Βυζαντινά, Βενετσιάνικα και τουρκικά γλυπτά και επιγραφές, τοιχογραφίες (ΙΓ'-ΙΣΤ' αιώνα), εκκλησιαστικά σκεύη και άμφια, περίτεχνα ξυλόγλυπτα, νομίσματα, κοσμήματα και μικροτεχνήματα της Βυζαντινής και Ενετικής περιόδου καθώς και τον μοναδικό στην Κρήτη πίνακα (Άποψη του Όρους και της Μονής Σινά, 1570 περίπου) του Δομήνικου Θεοτοκόπουλου του παγκόσμια γνωστού ως El Greco.

Β) Ιστορική συλλογή που περιλαμβάνει κειμήλια των μεγάλων Κρητικών επαναστάσεων του 1821, του 1866, αλλά και των υπολοίπων εξεγέρσεων του ΙΘ' αιώνα, καθώς επίσης και της Κρητικής Πολιτείας (1898-1913). Πολεμικές Σημαίες, όπλα αγωνιστών, προσωπογραφίες θρυλικών μορφών της Κρητικής ιστορίας, κοσμήματα, χαλκογραφίες, έπιπλα εποχής, ενδυμασίες, χάρτες, ενθύμια. Επίσης πολύτιμα ιστορικά έγγραφα και πλούσιο φωτογραφικό αρχείο.

Γ) Λαογραφική συλλογή που περιλαμβάνει εκατοντάδες αντιπροσωπευτικά αυθεντικά δείγματα της γνήσιας Κρητικής λαϊκής τέχνης (υφαντά, κεντήματα, δαντέλες, ολόκληρες τοπικές ενδυμασίες, μεμονωμένα ενδύματα και υποδήματα, κοσμήματα, μικροτεχνήματα, μουσικά όργανα κ.λ.π.) καθώς και την πλήρη αναπαράσταση ενός τυπικού παλαιού Kρητικού χωριάτικου σπιτιού.

Δ) Αίθουσα Νίκου Καζαντζάκη με το γραφείο, τη βιβλιοθήκη, διάφορα προσωπικά ενθύμια και χειρόγραφα πολλών έργων του μεγάλου Kρητικού συγγραφέα.

Ε) Αίθουσα Εμμανουήλ Τσουδερού που περιλαμβάνει το προσωπικό γραφείο, τη βιβλιοθήκη και προσωπικά ενθυμήματα του Πρωθυπουργού της Μάχης της Κρήτης, σχετικές χαλκογραφίες, χάρτες της εποχής, σπάνιες εκδόσεις και μια μεγάλη συλλογή Κρητικών γραμματοσήμων.

Ανάμεσα στις πολλαπλές δραστηριότητες του Μουσείου περιλαμβάνονται και :
1. Εκπαιδευτικά προγράμματα σε συνεργασία με την 13η Εφορεία Βυζαντινών Αρχαιοτήτων με θέμα: "Εισαγωγή στην τεχνική των Βυζαντινών Εικόνων"
2. Κρητολογική Βιβλιοθήκη
3. Εκδόσεις της Εταιρείας Κρητικών Ιστορικών Μελετών, υπό την αιγίδα της οποίας τελεί το Ιστορικό Μουσείο.
4. Οργάνωση Διεθνών Επιστημονικών Συνεδρίων, όπως το Η΄ Κρητολογικό Συνέδριο (9.9.1996).