Ο Άγιος Νικόλαος, η πρωτεύουσα του νομού, βρίσκεται 67 χιλιόμετρα Ανατολικά από το Ηράκλειο, στο Δυτικό τμήμα του νομού και στη δυτική ακτή του κόλπου του Μιράμπελου. Έχει περίπου 11.000 μόνιμους κατοίκους.

Η σημερινή πόλη του Αγίου Νικολάου φέρεται να κατέχει τη θέση της αρχαίας δωρικής πόλης Λατους προς Καμάραν, η οποία ήταν το επίνειο της ονομαστής δωρικής πόλης Λατούς της Ετέρας που βρίσκεται κοντά στο χωριό Κριτσά και άκμασε την πρώτη χιλιετία π.Χ. Στους Ρωμαϊκούς και Βυζαντινούς χρόνους, την εποχή της Ενετοκρατίας και της Τουρκοκρατίας και μετά την ένωση με την Ελλάδα ακολούθησε την τύχη της υπόλοιπης Κρήτης.

Η πόλη με έντονη τουριστική ανάπτυξη τα τελευταία χρόνια διαθέτει σημαντικό αριθμό ξενοδοχειακών μονάδων όλων των κατηγοριών και μπορεί ακόμα και τους μήνες της αιχμής της τουριστικής κίνησης το καλοκαίρι να φιλοξενήσει μεγάλο αριθμό επισκεπτών. Διαθέτει μεγάλο αριθμό από ταβέρνες, εστιατόρια, φαστ φούντ, καφενεία, καφετέριες, μπαρ και κέντρα διασκέδασης με μουσική, κυρίως στις πολλές και όμορφες παραλίες της πόλης. Η ψυχαγωγία και η διασκέδαση είναι «ενδημική» στη πόλη και οι νέοι βρίσκουν πάντα ότι ζητούν από ένα καλοκαιρινό προορισμό διακοπών.

Ο επισκέπτης μπορεί να απολαύσει το μπάνιο του στις παραλίες της πόλης, αλλά και στις κοντινές έξω από αυτήν. Στη Δημοτική παραλία, στο λιμανάκι (Κιτροπλατεία), στο Αμμούδι, στα Χαβάνια, στον Αλμυρό, στην Αμμουδάρα και σε άλλες όμορφες οργανωμένες παραλίες με καθαρή θάλασσα και πολλές ανέσεις.

Όλο το χρόνο πολιτιστικές και ψυχαγωγικές εκδηλώσεις οργανώνονται με κυριότερες τις εκδηλώσεις «Λατώ» που διαρκούν όλο το χρόνο με μουσικά και χορευτικά συγκροτήματα, ελληνικά και ξένα, θεατρικές παραστάσεις, εκθέσεις παραδοσιακής χειροτεχνίας και άλλες. Την Πρωτοχρονιά ο ερχομός του καινούριου χρόνου γιορτάζεται με ένα πρωτότυπο τρόπο σε δυο καράβια που το ένα έρχεται και το άλλο φεύγει. Την Ανάσταση αναβιώνει ένα πανάρχαιο ελληνικό έθιμο με το κάψιμο του Ιούδα στο κέντρο της Λίμνης. Ακόμα οργανώνονται πανηγύρια την γιορτή της Ανάληψης στον Αλμυρό και των Αγίων Πάντων στο ομώνυμο νησάκι. Τέλος στις 6 Δεκεμβρίου γιορτάζεται ο πολιούχος Άγιος του Αγίου Νικολάου.

Η πρόσβαση στη πόλη του Αγίου Νικολάου και σε όλο τον νομό διεξάγεται κυρίως με μεγάλα και γρήγορα φεριμπότ από τον Πειραιά και με αεροπλάνο μέσω του Διεθνούς Αεροδρομίου του Ηρακλείου. Υπάρχουν καθημερινά δρομολόγια από τον Πειραιά, όλο το χρόνο. Το καλοκαίρι και τις γιορτές τα δρομολόγια πυκνώνουν ανάλογα με τις ανάγκες. Τα πλοία της γραμμής ξεκινούν από τον Πειραιά το απόγευμα ή νωρίς το βράδυ και μετά από 6-12 ώρες (εξαρτάται από το είδος του πλοίου και την επιχειρησιακή του ταχύτητα), φτάνουν στο λιμάνι του Αγίου Νικολάου.

Τακτικά δρομολόγια εκτελούνται στις γραμμές Αγιος Νικόλαος-Σητεία-Δωδεκάνησα (Κάρπαθος, Κάσος, Ρόδος, Χάλκη) και Κυκλάδες (Μήλος).

Ο Άγιος Νικόλαος διαθέτει μαρίνα και εγκαταστάσεις για τον ελλιμενισμό, τον ανεφοδιασμό σε καύσιμα και νερό και την εξυπηρέτηση μικρών ιδιωτικών σκαφών αναψυχής.

Αεροπορική σύνδεση υπάρχει με Αθήνα, Θεσσαλονίκη, Αλεξανδρούπολη, Πρέβεζα (Άκτιο) από το αεροδρόμιο της Σητείας και με Αθήνα και Θεσσαλονίκη μέσω του Ηρακλείου.