Το Αρχαιολογικό Μουσείο Αγίου Νικολάου ιδρύθηκε το 1970 και αρχικά στέγασε τα πολλά ευρήματα των αρχαιολογικών ερευνών στην Ανατολική Κρήτη. Μέχρι την ίδρυση του μουσείου στον Άγιο Νικόλαο τα πολυάριθμα αρχαιολογικά ευρήματα φυλάσσονταν στο αντίστοιχο μουσείο του Ηρακλείου.

Στις προθήκες του Μουσείου μπορείτε να δείτε δείγματα του πολιτισμού του τόπου, που καλύπτουν μια χρονική περίοδο περισσότερων από 3.000 χρόνια.

Τα ευρήματα κατατάσσονται σύμφωνα με την εποχή που ανήκουν και τον χώρο που βρέθηκαν.

Ευρήματα από τον Πρωτομινωικό ΙΙ οικισμό στη παράλια Κορυφή Φούρνου στη Μύρτο της Ιεράπετρας (2.600-2.300 π.Χ.). Το σημαντικότερο είναι ένα ανθρωπόμορφο σπονδικό αγγείο που φέρει το όνομα η «Θεά της Μύρτου». Έχει σώμα κωδωνόσχημο, χωρίς πόδια, με κοίλο το εσωτερικό του, μακρύ λεπτό λαιμό που στηρίζει ένα μικρό κεφάλι, στο οποίο διακρίνονται στοιχειωδώς τα χαρακτηριστικά του προσώπου. Το δεξί χέρι κρατά μια ραμφόστομη πρόχου που την αγγίζει με το αριστερό χέρι. Το ένδυμα, όπως και το ηβικό τρίγωνο έχουν αποδοθεί με ζωγραφικό τρόπο.

Ευρήματα από το Πρωτομινωικό ΙΙ-ΙΙΙ νεκροταφείο (2.600-2.200 π.Χ.), στο νησάκι του Μόχλου, στον Άγιο Νικόλαο. Το σημαντικότερο κομμάτι από εδώ είναι ένα διάδημα κατασκευασμένο από ένα έλασμα χρυσού που είναι κοσμημένο με έκτυπη "κοκκίδωση". Τρία κρητικά αγριοκάτσικα παριστάνονται αφαιρετικά και σχηματικά. Από τρία σημεία του φεύγουν τρεις διπλές κεραίες σε σχήμα V, ενώ στο κάτω μέρος του διακρίνονται ακανόνιστα κοψίματα του χρυσού.

Ευρήματα από τα Μεσομινωικά Ιερά Κορυφής στον Πετσοφά, στο Μόδι, στον Τραόσταλο, στο Καλαμάκι, στην Πρινιά, στην Ετιανή και στην Κεφάλα (2.000-1550 π.Χ.). Τα ευρήματα αυτά είναι προσφορές στο ιερό που περιλαμβάνουν αναθηματικά ειδώλια με ανθρώπινη μορφή, ή με μορφή ζώων, πήλινα τμήματα ανθρωπίνου σώματος, πολύ απλής τεχνοτροπίας που όμως μας επιτρέπουν να αντλήσουμε πληροφορίες για την ενδυμασία, την κόμμωση τόσο των γυναικών, όσο και των ανδρών, όπως και για τις στάσεις λατρείας των κατοίκων της περιοχής.

Ευρήματα από τους Υστερομινωικούς τάφους στην Μίλατο και τον Κριτσά (1.400-1.200 π.Χ.).

Ευρήματα από τον αποθέτη της Γεωμετρικής εποχής στον Ανάβλοχο Βραχασίου.

Ευρήματα από τον Δαιδαλικό αποθέτη της Σητείας που χρονολογούνται στις αρχές του 7 ου π.Χ. αιώνα, με σημαντικότερο μια κεφαλή πηλίνου αγάλματος με πολύ μικρότερο μέγεθος από το φυσικό και με κοίλο εσωτερικό. Τα μάτια, που είναι μεγάλα, έχουν χαραχθεί με διαβήτη. Υπάρχει επίσης το «αρχαϊκό μειδίαμα» στο στόμα, ενώ η έγχρωμη διακόσμηση ελάχιστα έχει διασωθεί. Στα φρύδια διακρίνονται ίχνη από το κυανό χρώμα με το οποίο ήταν βαμμένα.

Ευρήματα από την Λατώ προς Καμάρα, της περιοχής Αγίου Νικολάου, που χρονολογούνται από τους Ελληνορωμαϊκούς χρόνους. Ενδιαφέρον παρουσιάζει το κρανίο ενός νεαρού αθλητή (1ος αιώνας μ.Χ.) ,στεφανωμένο με χρυσό στεφάνι φύλλων ελιάς. Το στεφάνι είναι στερεωμένο στο κρανίο. Στο στόμα του νεαρού νεκρού υπάρχει «δανάκη», δηλαδή ο οβολός για το πορθμείο του Χάροντα που είναι ένα αργυρό τετράδραχμο της πόλης της Πολυρρήνιας της εποχής του αυτοκράτορα Τιβέριου.

Τέλος υπάρχουν και πολλά μεμονωμένα ευρήματα από διάφορες άλλες τοποθεσίες της περιοχής της Ανατολικής Κρήτης.

Όπως ένα ρυτό, δηλαδή ένα τελετουργικό αγγείο που παριστάνει ένα θαλάσσιο τρίτωνα που είναι κατασκευασμένο από πράσινο χρωρίτη και βρέθηκε στο ανάκτορο των Μαλίων. Είναι διακοσμημένο με μια ανάγλυφη παράσταση σπονδής που κάνουν δύο όρθιοι λεοντόμορφοι δαίμονες, που στέκουν πάνω σε μια κατασκευή με σκαλιά, ίσως ένα βωμό. Ο ένας δαίμονας κρατάει πρόχου. Το ρυτό χρονολογείται στην Υστερομινωική Ι Α περίοδο (1550-1500 π.Χ.).

Μια χρυσή περόνη, προϊόν λαθρανασκαφής κα παράνομης εξαγωγής, αγοράστηκε στις Βρυξέλλες από τον αρχαιολόγο J. P. Olivier, ο οποίος τη δώρησε το 1981 στο Μουσείο. Στο πίσω μέρος της περόνης υπάρχει μια μεγάλη επιγραφή με 18 πολύ μικρά σύμβολα, μάλλον της Γραμμικής Α γραφής, ενώ στην μπροστινή όψη υπάρχει διακόσμηση με μοτίβο βάτου.

Ένα ειδώλιο είτε μια ιέρειας, είτε μιας γυναίκας σε λατρευτική στάση, που βρέθηκε στο νεκροταφείο της Μυρσίνης της Σητείας (Μετανακτορική περίοδος, ίσως μετά το 1500 π.Χ.) Το κατώτερο μέρος του σώματος της γυναικείας μορφής είναι ένας μικρός κύλινδρος που φέρει ένα ζωγραφισμένο σταυρό κάτω από τη βάση. Στο πάνω μέρος του σώματος τα χέρια, σχηματοποιημένα, ενώνονται πάνω στα στήθη σε λατρευτική στάση. Εξαιρετικό ενδιαφέρον παρουσιάζει το πίσω μέρος της κόμης που δημιουργεί μια οριζόντια κυλινδρική μάζα. Πολλές λεπτομέρειες από το πρόσωπο και τα ενδύματα αποδίδονται με ζωγραφικό τρόπο.

Μια μικρή λίθινη πυξίδα που προέρχεται από το βόρειο νεκροταφείο των Γουρνιών και που δεν χρησιμοποιεί σχεδόν καθόλου αυλακώσεις ως διακοσμητικό στοιχείο, γιατί ο καλλιτέχνης δημιουργός του θέλει να αξιοποιήσει τα εξαιρετικής αισθητικής "νερά" του λίθου, κάτι που το πετυχαίνει με εκπληκτικό τρόπο. Το πυξίδιο έχει κάλυμμα με μικρή λαβή στο κέντρο και μάλλον προοριζόταν για την φύλαξη καλλυντικών, ή κάποιας άλλης ουσίας, ίσως φάρμακο.