Ο αρχαιολογικός χώρος της Ελεύθερνας βρίσκεται στην περιοχή ανάμεσα στα χωριά Ελεύθερνα (24 περίπου χιλιόμετρα Ανατολικά από το Ρέθυμνο) και Αρχαία Ελεύθερνα (29 περίπου χιλιόμετρα) στις Βόρειες υπώρειες του Ψηλορείτη. Οι έρευνες έχουν ξεκινήσει από τα τέλη της δεκαετίας του 1920 από τους Βρετανούς και σήμερα (από το 1985 και μετά) συνεχίζονται από το Πανεπιστήμιο Κρήτης που φιλοδοξεί να φέρει στο φως την αρχαία πόλη Ελεύθερνα που ήταν γνωστή μόνο από φιλολογικές μαρτυρίες. Ο χώρος είχε συνεχή κατοίκηση από τους προϊστορικούς χρόνους μέχρι τη παλαιοχριστιανική εποχή.

Τα σημαντικότερα ευρήματα είναι τα παρακάτω:

Στη θέση Νησί κοντά στο σημερινό χωριό Ελεύθερνα έχουν εντοπισθεί υπολείμματα οικισμού Ελληνιστικών χρόνων.

Τρεις θέσεις στο λόφο ανάμεσα σε δυο χείμαρρους (Ορθή Πέτρα, Πυργί και Κατσίβελος).

Στη τοποθεσία Ορθή Πέτρα, οι ανασκαφές έφεραν στο φως νεκρόπολη των γεωμετρικών και αρχαϊκών χρόνων, όπως επίσης κτίρια και δρόμους της ελληνιστικής και ρωμαϊκής εποχής είχαν κατασκευαστεί πάνω στα παλαιότερα κτίσματα.

Κοντά στη περιοχή του σημερινού χωριού «Αρχαία Ελεύθερνα» οι ανασκαφές έχουν αποκαλύψει μια συνεχή κατοίκηση και χρήση του χώρου από τους Μινωικούς χρόνους, έως τους παλαιοχριστιανικούς.

Στην περιοχή του σημερινού χωριού Ελεύθερνα διατηρείται οχυρωματικός πύργος πάνω στο λόφο που χρησιμοποιήθηκε κατά τους ρωμαϊκούς και βυζαντινούς χρόνους.

Στο βόρειο μέρος της αρχαίας πόλης στο ρέμα που βρίσκεται στα Δυτικά του λόφου Πυργί υπάρχει και διατηρείται μια γέφυρα των ελληνιστικών χρόνων που σχηματίζει οξυκόρυφο τόξο.