Το Αρχαιολογικό Μουσείο της Νάξου στεγάζεται σε ένα ιστορικό πενταόροφο κτίριο που άρχισε να κατασκευάζεται στις αρχές του 17ου αιώνα κατά μήκος του φράγκικου τείχους, ενσωματώνοντας και δυο πύργους του για να στεγάσει την σχολή των Ιησουϊτών μοναχών. Στα τέλη του 19ου αιώνα στεγάστηκε εδώ η περίφημη Εμπορική σχολή της Νάξου, ανάμεσα στους επιφανείς μαθητές της οποίας περιλαμβάνεται και ο Νίκος Καζαντζάκης. Αργότερα παραχωρήθηκε στην αρχαιολογική υπηρεσία και από το 1973 στεγάζει το Αρχαιολογικό Μουσείο της Νάξου.

Στις συλλογές και τα εκθέματα του μουσείου περιλαμβάνονται πολλά αξιόλογα ευρήματα των ανασκαφών που γίνονται σε ολόκληρο το νησί τα τελευταία 60 χρόνια. Στα εκθέματα περιλαμβάνονται αντικείμενα που ανάγονται από την Νεολιθική εποχή, έως τους Παλαιοχριστιανικούς χρόνους, δηλαδή καλύπτουν χρονικά 6 ολόκληρες χιλιετίες. Φυσικά αυτά που ξεχωρίζουν περισσότερο είναι τα μαρμάρινα κυκλαδικά ειδώλια της Πρωτοκυκλαδικής περιόδου (3.200 - 2.300 π.Χ.) που θεωρούνται από τους ειδικούς αρχαιολόγους και μουσειολόγους ίδιας αρχαιολογικής και καλλιτεχνικής αξίας με τις αντίστοιχες του Μουσείου Κυκλαδικής Τέχνης και του Εθνικού Αρχαιολογικού Μουσείου στην Αθήνα. Επίσης, το μουσείο διαθέτει πλούσιες συλλογές από χαρακτηριστικά αγγεία της Μυκηναϊκής εποχής και των Γεωμετρικών χρόνων (9ος - 8ος π.Χ. αιώνας).