Αργότερα, κατά τους Βυζαντινούς χρόνους ο ναός εγκαταλείφθηκε και όταν οι Ιωαννίτες ιππότες κατέλαβαν το νησί, χρησιμοποίησαν αρχιτεκτονικά μέλη του βωμού στο κτίσιμο του κάστρου.
Η ζωφόρος του βωμού έχει χρονολογηθεί στα τέλη του 2ου αιώνα π. Χ. και φυλάσσεται σε ειδικό χώρο στο Κάστρο της πόλης. Στη ζωφόρο απεικονίζονται σκηνές από την Αμαζονομαχία, ένας Διονυσιακός θίασος με μαινάδες, σάτυρους και σειληνούς.
Σήμερα διακρίνονται σε καλή κατάσταση μόνο ένα ορθογώνιο κρηπίδωμα, δηλαδή το πάνω μέρος των θεμελίων, η ανηφορική είσοδος και ένας λίθινος τοίχος κάθετος στο εσωτερικό του.
Στο χώρο του βωμού του Διονύσου υπάρχει επίσης παλαιότερος δωρικός ναός (Ναός «εν παραστάσι») μάλλον του Διονύσου και δυο κατασκευές ορθογωνίου σχήματος που πιθανότατα ήταν βάθρα αγαλμάτων. Ο χώρος ανασκάφηκε από τους Ιταλούς την δεκαετία του 1930, αλλά λόγω των πολεμικών γεγονότων τα συμπεράσματα των ανασκαφών έμειναν αδημοσίευτα. Τα τελευταία χρόνια ο γνωστός Έλληνας καθηγητής Ν. Σταμπολιδης μελέτησε τον γλυπτό διάκοσμο του βωμού. |
