Η Σάμος έχει κατοικηθεί από την 3η π.χ. χιλιετία, αλλά μέχρι τον 6ο π.χ. αιώνα υπάρχουν μόνο παραδόσεις και μύθοι που μιλάνε για την αίγλη του νησιού στα παλιά χρόνια, τότε που ήταν κέντρο του ιωνικού πολιτισμού και μεγάλη ναυτική και εμπορική δύναμη.

Κατά την εποχή της διακυβέρνησης του νησιού από τον Πολυκράτη η Σάμος έγινε ένα από τα μεγαλύτερα κέντρα του Ιωνικού Πολιτισμού, έχοντας να επιδείξει σπουδαία έργα και σημαντικά μνημεία, ανάμεσα στα οποία είναι το Ευπαλίνειο όρυγμα, ο ναός της Ήρας, αλλά και θέατρα, ανάκτορα και άλλα πολλά.

Αλλά ο Πολυκράτης πρόσεξε και τα στρατιωτικά θέματα ιδιαίτερα και έτσι σύντομα η Σάμος είχε ένα ισχυρότατο στρατό και ο στόλος της με τις περίφημες και ταχύτατες Σάμαινες κυριαρχούσε στο Αιγαίο μέχρι την εποχή που εμφανίστηκε η κραταιά Αθήνα με τις νεώτερες και πιο εξελιγμένες αθηναϊκές τριήρεις. Όπως χαρακτηριστικά έγραψε ο Ηρόδοτος τρεις ήταν οι σημαντικές πόλεις που κυριάρχησαν στο Αιγαίο και την Μεσόγειο θάλασσα μέχρι τις μέρες του. Η κραταιά Κνωσός του βασιλιά Μίνωα (15ος π.χ. αιώνας), η Σάμος του τύραννου Πολυκράτη (6ος π.χ. αιώνας) και η δημοκρατική Αθήνα του Περικλή (5ος π.χ. αιώνας). Όπως χαρακτηριστικά λεγότανε η Σάμος ήταν η πρώτη πόλη μεταξύ των Ελλήνων και των βαρβάρων και ο Πολυκράτης ήταν ο πρώτος Έλληνας που προσπάθησε να ενώσει τους Έλληνες για να αντιμετωπίσει την απειλή των παντοδύναμων Περσών.

Μετά το θάνατο του Πολυκράτη το 522 π.χ. η Σάμος μπλέχτηκε στους πολέμους μεταξύ Ελλήνων και Περσών, εξασθένισε στρατιωτικά και τελικά το 439 π.χ. καταστράφηκε από τους ανταγωνιστές Αθηναίους μετά από πολύμηνη και επίμονη πολιορκία. Σε όλη τη διάρκεια της αρχαιότητας η Σάμος ανέδειξε σημαντικές προσωπικότητες στο χώρο των γραμμάτων και των τεχνών με πιο γνωστούς και με παγκόσμια ακτινοβολία τον περίφημο φιλόσοφο και μαθηματικό Πυθαγόρα και τον διάσημο για την ηλιοκεντρική θεωρία του μαθηματικό και αστρονόμο Αρίσταρχο. Άλλα σημαντικά ονόματα ήταν ο σπουδαίος ζωγράφος Αγάθαρκος, ο διάσημος αρχιτέκτονας Θεόδωρος, ο περίφημος Αίσωπος με τους πασίγνωστους μύθους του, ο τολ,ηρός θαλασσοπόρος Κωλαίος που όπως λέγεται πρώτος τόλμησε και ταξίδεψε εποτυχώς στον Ατλαντικό Ωκεανό και τέλος το καμάρι της αρχαιότητας, η μεγάλη φιλόσοφος Δαμώ, κόρη του Πυθαγόρα.

Τα επόμενα χρόνια η Σάμος είχε παρακμάσει και απλώς ακολουθούσε την τύχη της υπόλοιπης Ελλάδας πέφτοντας αλληλοδιαδόχως στα χέρια των Μακεδόνων, των Ρωμαίων και των Βυζαντινών, οπότε και δοκιμάστηκε, όπως και ολόκληρο το Αιγαίο, από τις πειρατικές επιδρομές. Μετά την πτώση και την καταστροφή της Κωνσταντινούπολης από τους Σταυροφόρους το νησί περιήλθε στους Βενετσιάνους, το ανακατέλαβαν για ένα διάστημα οι Βυζαντινοί και τελικά το 1346 περιήλθε στην κυριαρχία των Γενουατών. Αλλά οι πόλεμοι και οι αλλεπάλληλες επιδρομές την είχαν καταστρέψει και σιγά-σιγά ερημώθηκε και εγκαταλείφτηκε από όλους τους κατοίκους και από τους ίδιους τους κατακτητές Γενουάτες. Από τότε, γύρω στο 1476 και για σχεδόν ένα αιώνα τη Σάμο κατοικούσαν λιγοστοί βοσκοί στα βουνά. Το 1549 πέρασε από τη Σάμο ο οθωμανικός στόλος υπό την ηγεσία του αρχιναύαρχου Κιλίτς Αλή πασά, ενός πρώην γάλλου αιχμαλώτου που αναρριχήθηκε στα ύπατα στρατιωτικά αξιώματα, ο οποίος γοητεύτηκε από το υπέροχο περιβάλλον του έρημου νησιού και ζήτησε από τον Σουλτάνο να του την δωρίσει. Έτσι ο πασάς έγινε κύριος της Σάμου και προσπάθησε να προσελκύσει νέους κάτοικους για το έρημο νησί προσφέροντας σημαντικά και πρωτόγνωρα για σκλαβωμένους προνόμια στους νέους κατοίκους που το μοναδικό που έπρεπε να εκπληρώνουν ήταν να είναι Έλληνες και Χριστιανοί Ορθόδοξοι.

Κατά την επανάσταση του 1821 οι λιγοστοί τούρκοι εγκατέλειψαν το νησί που παρέμεινε ελεύθερο έως το τέλος της επανάστασης, παρ΄ όλες τις τεράστιες προσπάθειες του τουρκοαιγυπτιακού ναυτικού που όλες του οι απόπειρες αποκρούστηκαν επιτυχώς από τον ελληνικό στόλο και τους ηρωικούς κατοίκους του. Όμως η Σάμος, παρ' ότι ελεύθερη επί σχεδόν 10 χρόνια δεν συμπεριελήφθη στα σύνορα του ανεξάρτητου ελληνικού κράτους και μετά τις έντονες αντιδράσεις των Σαμιωτών πέτυχαν να μετατραπεί η Σάμος σε αυτόνομη Ηγεμονία υπό την προστασία των Μεγάλων Δυνάμεων (φόρου υποτελής στον Σουλτάνο). Το καθεστώς της ηγεμονίας διατηρήθηκε αδιατάρακτα μέχρι το 1912, οπότε κατά την διάρκεια των Βαλκανικών πολέμων και μετά από σύντομες, αλλά σκληρές μάχες, οι επαναστατημένοι Σαμιώτες με την βοήθεια εθελοντικών τμημάτων, κυρίως από την Κρήτη εκδίωξαν τελείως τους τούρκους και στις 11 Νοεμβρίου κήρυξαν και επισήμως την ένωση της με την υπόλοιπη Ελλάδα. Τα υπόλοιπα χρόνια η Σάμος ακολούθησε την τύχη της υπόλοιπης Ελλάδος. Χαρακτηριστικό είναι ότι κατά την διάρκεια του Β' Παγκοσμίου Πολέμου και της ξενικής κατοχής δοκιμάστηκε σκληρά και λόγω της σθεναρής αντίστασης των σκληροτράχηλων κατοίκων της. Οι δοκιμασίες του νησιού συνεχίστηκαν και τα επόμενα χρόνια λόγω του εμφυλίου πολέμου και μόνο μετά τα μέσα της δεκαετίας του 1950 ησύχασαν κάπως τα πράγματα. Μετά την μεταπολίτευση του 1974 το νησί άρχισε σιγά-σιγά να αναπτύσσεται τουριστικά και παρ' όλες τις καταστροφικές πυρκαγιές στα τέλη της δεκαετίας του 1990 το νησί γνωρίζει μέρες ευημερίας και προσελκύει συνεχώς και περισσότερους επισκέπτες.

Μυθολογία

O μύθος του Αγκαίου
Ο Αγκαίος ήταν ένας από τους μυθικούς ήρωες που έλαβαν μέρος στην Αργοναυτική εκστρατεία και ήταν κυρίαρχος της Σάμου. Σύμφωνα με την μυθολογία ένας από τους πολλούς δούλους του που δούλευε στις αμπελοκαλλιέργειες του Αγκαίου κάτω από απάνθρωπες και σκληρές συνθήκες, του «ευχήθηκε» να μη πιει ποτέ το κρασί που παρήγαγε. Έτσι όταν το κρασί έγινε και ο Αγκαίος ετοιμαζότανε να το γευθεί μπροστά στο δούλο του κόμπαζε ότι δεν έπαθε τίποτα και φέρνοντας τον κύλικα στα χείλη του ετοιμάζονταν να το γευτεί. Τότε ο δούλος του είπε την γνωστή φράση :«Πολλά πέλει μεταξύ κύλικος και άκρου» που σημαίνει ότι πολλά κακά μπορούν να συμβούν μέχρι το ποτήρι να φτάσει στα χείλη. Και αμέσως η ευχή του έπιασε. Ο γιος του Αγκαίου Αγαπήνωρ βασίλευσε στους Αρκάδες και συμμετείχε στον Τρωικό Πόλεμο και ο άλλος του γιος ο Σάμος βασίλευσε στη Σάμο.