Το Σπήλαιο του Πυθαγόρα βρίσκεται στους πρόποδες του επιβλητικού όρους Κέρκη και σύμφωνα με την παράδοση εδώ κατέφυγε για να κρυφτεί ο φιλόσοφος Πυθαγόρας την εποχή που τον καταδίωκε ο τύραννος Πολυκράτης που τον κατηγορούσε για προσπάθεια διαφθοράς των νέων της Σάμου. Κατά μία άλλη παράδοση την σπηλιά αυτή χρησιμοποιούσε ο Πυθαγόρας όποτε ήθελε να απομονωθεί για να συλλογιστεί πάνω στα θέματα που τον απασχολούσαν.

Η σπηλιά βρίσκεται 3 χιλιόμετρα έξω από το Κάμπο Μαραθοκάμπου. Η πρόσβαση είναι εύκολη μέσω του κάμπου του Μαραθοκάμπου, ακολουθώντας 2-3 χιλιόμετρα ενός χωματόδρομου και μετά αφού παρκάρεται το αυτοκίνητο πρέπει να περπατήσετε 200 περίπου μέτρα στην απόκρημνη πλαγιά για να φτάσετε στην είσοδό της. Αυτά τα τελευταία μέτρα στην απότομη πλαγιά είναι και το μόνο σχετικά δύσκολο σημείο της διαδρομής.