Το Ιστορικό Αρχείο - Μουσείο Ύδρας ιδρύθηκε το 1918 και στεγάστηκε αρχικά στο κτίριο που βρίσκεται στο ανατολικό τμήμα του λιμανιού και που πρόσφερε στην πόλη της Ύδρας το άξιο τέκνο του νησιού, ο εφοπλιστής και τοπικός ευεργέτης Γκίκας Κουλούρας.

Ο Αντώνιος Λιγνός, διακεκριμένος ιατρός και δήμαρχος Ύδρας για σχεδόν 40 χρόνια, ανέλαβε και διεκπεραίωσε με μεγάλη επιτυχία το δύσκολο έργο της ταξινόμησης του αρχειακού υλικού του νησιού, υλικού που αφορούσε στα χρόνια 1708-1865 και είχε ανακαλυφθεί από τον ίδιο στις αποθήκες του Ιερού Ναού της Κοιμήσεως της Θεοτόκου.

Όταν το 1972 κατεδαφίστηκε το αρχικό κτίριο, στην θέση του κτίστηκε το σημερινό επιβλητικό κτίριο, κόσμημα της Ύδρας, που στέγασε όλες τις υπηρεσίες του Αρχείου.

Ο μουσειακός χώρος του Αρχείου λειτουργεί σε δύο επίπεδα, στο ισόγειο και τον προθάλαμο του ορόφου. Διαθέτει και εκθέτει κειμήλια από τους αγώνες του έθνους, όπως και πλούσιο λαογραφικό υλικό. Στο κλιμακοστάσιο και στις αίθουσες του ορόφου εκτίθενται πάρα πολλά έργα Ελλήνων και Ευρωπαίων εικαστικών που συγκροτούν μια ολόκληρη Ιστορική Πινακοθήκη. Ακόμα διαθέτει και πολλά μικροκαλλιτεχνήματα από τον 18ο και 19ο αιώνα, όπλα αγωνιστών του 1821, πολλούς πρωτότυπους παλαιούς ναυτικούς χάρτες, πρωτότυπο αντίτυπο της Χάρτας του Ρήγα Φεραίου, την ταριχευμένη καρδιά του Ανδρέα Μιαούλη που φυλάσσεται σε ασημένια λήκυθο και πολλά άλλα.

Επιπρόσθετα διαθέτει και σημαντική βιβλιοθήκη που ξεπερνάει τους 4.000 τόμους σπανίων και πολυτίμων παλιών εκδόσεων, πολλές από τις οποίες ανάγονται ακόμα και στα πρώτα χρόνια του 18ου αιώνα και εξακολουθεί να εμπλουτίζεται με νέα αποκτήματα, είτε από αγορά, είτε από δωρεές.